2张图读懂BRCA基因检测流程 | 专家共识

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        乳腺癌易感基因(breast cancer susceptibility gene,BRCA)是重要的抑癌基因,包括BRCA1和BRCA2。BRCA1/2基因是评估乳腺癌、卵巢癌和其他相关癌症发病风险的重要生物标志物,也是影响患者个体化治疗方案选择的生物标志物,所以BRCA检测具有重要的临床意义。
  BRCA基因检测难度较大,没有热点变异,变异遍布于2个基因的全长。国内对于BRCA基因检测一般采用下一代测序(next generation sequencing, NGS)的方法,但目前尚无统一的检测流程与标准。为建立基于NGS技术的BRCA基因检测的方法学标准以及规范临床检测操作,中华医学会病理学分会特组织国内分子病理学领域的相关专家,对BRCA基因检测流程进行讨论并达成共识。
  适用人群
  HER2阴性晚期乳腺癌患者和所有新确诊以及复发的卵巢癌患者进行BRCA 基因检测;对于铂敏感复发的卵巢癌患者,无论是否携带BRCA 致病突变都可获益于PARP 抑制剂治疗 ,若需评估遗传风险,可行胚系BRCA 基因检测,但在检测前需要专业人士进行遗传咨询工作;肿瘤BRCA 基因检测无需遗传咨询。
  基于NGS 检测BRCA 基因突变的流程
基于NGS 检测BRCA 基因突变的流程
  ●建议对于可获取肿瘤组织的癌症患者,可进行肿瘤组织样本检测;对于肿瘤组织不可获取的癌症患者和癌症高风险人群,可进行胚系BRCA 基因检测,一般使用血液、唾液、口腔拭子等样本,目前以血液为主。
  ●在进行浓度和纯度测定时,可采用Nanodrop 和Qubit 仪器。采用琼脂糖凝胶电泳等方法对片段化程度进行评估。剩余DNA 建议永久归档或至少保留至产生报告时。
  ●可使用2 种方法对DNA 样本进行文库制备,即基于扩增子的方法和基于杂交捕获的方法。
  ●胚系BRCA 基因检测只需检测杂合突变或纯合突变,理论突变频率分别为50%或100%,而肿瘤组织BRCA 突变频率可能很低。
  变异解读
  数据解读的标准和规范以及数据解读和注释流程中常用数据库可参考《ACMG 和美国分子病理学会(Association for Molecular Pathology,AMP)序列变异解读标准和指南(2015 版)》《美国分子病理学会(AMP) / 美国临床肿瘤学会(ASCO) / 美国病理学家协会(CAP) 癌症序列变异解读和报告的标准和指南(2017 版)》以及《BRCA 数据解读中国专家共识》 。BRCA 基因检测报告可参考《BRCA 数据解读中国专家共识》 。
  1.致病性(pathogenic)-5类。包括以下几种情况:(1)编码提前终止密码子的序列变异,即BRCA1第1 855位氨基酸和BRCA2第3 309位氨基酸前发生的无义突变或移码突变。(2)发生在剪切位点即外显子上下游第一或第二个碱基的变异,但是,需除外经预测或已明确的可产生可能恢复BRCA1/2基因功能的自然存在的框内RNA异构体的变异。(3)拷贝数缺失变异,该变异导致BRCA1第1 855位氨基酸和BRCA2第3 309位氨基酸前发生移码突变,或者该变异移除1个或多个外显子且不是经预测或已明确的可产生可能恢复BRCA1/2基因功能的自发框内RNA异构体的变异。(4)任意大小的拷贝数重复变异,该变异导致1个或多个外显子重复并已被证实会导致BRCA1第1 855位氨基酸和BRCA2第3 309位氨基酸前发生移码突变。(5)体外或体内功能研究显示对基因或基因产物有破坏作用且与肿瘤高危相关的其他类型变异。
  2.可能致病性(likely pathogenic)-4类。包括以下几种情况:(1)该变异经mRNA水平的实验证实能够改变剪接,但是不会产生可能恢复基因功能的自然存在的框内RNA异构体。(2)该变异编码的氨基酸改变与之前定义的5类致病性错义突变相同,但发生改变的基础核苷酸不同,而且既往疾病关联并非由剪接事件所致,并且变异未见于作为对照的外显子组测序项目(Exome Sequencing Project)、千人基因组计划(1000 Genomes Project)或外显子组整合数据库(Exome Aggregation Consortium),或变异位于已确认的功能区。(3)移除密码子的小片段框内缺失变异,该变异涉及的氨基酸位点已被证实可发生错义替换5类变异,且既往疾病关联并非由于剪接事件所致,并且变异未见于作为对照的外显子组测序项目、千人基因组计划或外显子组整合数据库,或变异位于已确认的功能区。(4)体外或体内功能性研究显示对基因或基因产物有破坏作用的其他类型变异,并且变异未见于作为对照的外显子组测序项目、千人基因组计划或外显子组整合数据库,或者变异位于已确认的功能区。
  3.意义未明(uncertain significance)-3类:证据不足以将其归类为1、2、4或5类的变异,或证据与良性和致病性分类相矛盾的变异。
  4.可能良性(likely benign)-2类。包括以下几种情况:(1)该变异编码的氨基酸改变与已确认的1类良性变异相同,但发生改变的基础核苷酸不同,且无证据表明该变异会导致剪接事件。(2)个体发生的胚系变异与已知致病变异在同一基因上呈反式(in trans)排列,且该个体除了BRCA相关肿瘤外无明显其他临床表征。
  5.良性(benign)-1类:(1)外显子组测序项目、千人基因组计划或外显子组整合数据库中等位基因频率>5%的变异。(2)体外或体内功能研究显示对蛋白质功能或剪接无破坏作用的变异。
  基于BRCA 基因检测流程
基于BRCA 基因检测流程
  参考文献:
  1.基于下一代测序技术的BRCA基因检测流程中国专家共识.中华病理学杂志,2018,47(6) :401-406.
  2.BRCA数据解读中国专家共识[J]. 中华病理学杂志, 2017, 46(5).
 
责任编辑: 希禾
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