一篇6分circRNA做了哪些内容?

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        研究背景
  喉鳞癌是来源于喉粘膜上皮组织的恶性肿瘤。喉鳞癌的发生率在最近的几年不断增加。尽管许多研究已经取得了显著的进步,但该疾病潜在的病理机制仍然不清楚。非编码环状RNA (circRNAs)的异常表达在许多类型的肿瘤中都有报道。而且circRNAs已经作为癌症诊断与治疗的候选生物标记分子。
  研究目的
  本研究的目的是评估喉鳞癌中circRNAs的表达模式。
  研究方法
  1. 根据病理分类对喉鳞癌组织样本进行收集与分组(高分化与中分化)。
  2. 提取喉鳞癌组织中的RNA并进行RNA测序分析。
  3. 利用定量实时反转录聚合酶链式反应对提取的RNA进行定量。
  4.对喉鳞癌相关的circRNA-miRNA相互作用关系进行预测。
  5. 对喉鳞癌相关的circRNA-miRNA-targetgene相互关系进行预测。
  实验结果
  1. 差异表达circRNA的鉴定以及不同分组(高分化与中分化)中的集群筛?。ㄍ?)。
二代测序结果显示了喉鳞癌组织样本中差异表达的circRNA。
图1:二代测序结果显示了喉鳞癌组织样本中差异表达的circRNA。
 ?。╝):差异表达的circRNA在不同基因位点(外显子、内含子、反义链、基因内与基因间)的百分比。(b):火山图。(c):circRNA表达数据按照“所有目标值”进行分层聚类。(d与e):在喉鳞癌组织与正常邻近的组织中交叉重叠的显著变化的circRNA。
    2.  circRNA-miRNA相互作用网络的建立以及circRNA功能预测(图2)。
circRNA-miRNA相互作用网络的建立以及circRNA功能预测
图2:(a):喉鳞癌中circRNA-miRNA相互作用的映射网络。(b):对20个circRNA相互作用的miRNA进行KEGG分析,并将其与目标基因相关的重要富集的信号通路进行分析。
     3. circRNA-miRNA-target gene功能预测(图3)。
circRNA-miRNA-target gene功能预测
图3:(a):circRNA-miRNA相关性预测。(b):韦恩图显示了由3个相关的circRNAs(hsa_circ:chr17:48268229–48,277,287、hsa_circ:chr1:207103173–207,105,911 、hsa_circ:chr20:31876585–31,897,648)调控的9种常见的miRNAs。(c):利用这9种常见的miRNAs的靶向基因,KEGG分析了假定的信号通路。(d):定量实时逆转录聚合酶链式反应验证hsa_circ:chr20:31876585–31,897,648在喉鳞癌组织中表达降低。
        研究结论
  高通量转录组测序与生物信息学分析为喉鳞癌的未来研究提供了有用的诊断标记及潜在的治疗靶点。
  参考文献
  RNA-Seq profiling of circular RNAs in human laryngeal squamous cell carcinomas.Mol Cancer. 2018 May 1;17(1):86.
  期刊介绍
  Molecular Cancer
  IF=6.204
  IF趋势(来源:medsci.cn)
IF趋势
 
          偏重方向:肿瘤、 肿瘤免疫治疗、 外泌体、lncRNA、  circRNA等。
 
责任编辑: 希禾
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